Το Νοσοκομείο μας βρίσκεται επί της κεντρικής οδού από το λιμάνι προς τα χωριά στο ύψος του ιερού ναού του Αγίου Νικοδήμου και Νικολάου Πλανά των Ναξίων (απέναντι από το άλσος της Ελλης). Άρχισε να λειτουργεί ως Κέντρο Υγείας το 1987. Αρχικά ήταν χτισμένο σε μια έκταση 1030 τ.μ. Το 2001 αναβαθμίστηκε και έγινε Γενικό Νοσοκομείο – Κέντρο Υγείας. Το 2007 και ύστερα από δωρεά επεκτάθηκε η κτιριακή του υποδομή. Η συνολική επιφάνεια που καλύπτει είναι 3230 τ.μ.

Το Γενικό Νοσοκομείο – Κέντρο Υγείας Νάξου είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ), αποκεντρωμένη Μονάδα Υγείας της 2ης Υγειονομικής Περιφέρειας Πειραιώς και Αιγαίου διασυνδεδεμένη με το Γενικό Νοσοκομείο Σύρου «Βαρδάκειο και Πρώϊο» υπό κοινό Διοικητικό Συμβούλιο.

Έως το 2014, στο ΓΝ-ΚΥ Νάξου υπαγόταν το Κέντρο Υγείας Αμοργού και 14 Πολυδύναμα Περιφερειακά Ιατρεία (ΠΠΙ) και Περιφερειακά Ιατρεία (ΠΙ) των γύρω μικρών νησιών (Αμοργός, Κουφονήσια, Δονούσα, Σχοινούσα και Ηρακλειά), που ανήκουν στο Δήμο Νάξου και Μικρών Κυκλάδων και καλύπτουν τις ανάγκες του τοπικού πληθυσμού στο νησί και των προαναφερθέντων γύρω νησιών. Από τότε και μετά, το Κέντρο Υγείας Αμοργού και τα άλλα ιατρεία είναι υπό την επίβλεψη της 2^ης Υγειονομικής Περιφέρειας Πειραιώς και Αιγαίου.

Στο Νοσοκομείο μας θα βρείτε τις εξής ιατρικές και παραϊατρικές ειδικότητες:

1. ΠΑΘΟΛΟΓΟΣ
2. ΚΑΡΔΙΟΛΟΓΟΣ
3. ΠΑΙΔΙΑΤΡΟΣ
4. ΝΕΦΡΟΛΟΓΟΣ
5. ΓΑΣΤΡΕΝΤΕΡΟΛΟΓΟΣ
6. ΧΕΙΡΟΥΡΓΟΣ
7. ΟΡΘΟΠΕΔΙΚΟΣ
8. ΑΝΑΙΣΘΗΣΙΟΛΟΓΟΣ
9. ΓΥΝΑΙΚΟΛΟΓΟΣ
10. ΟΦΘΑΛΜΙΑΤΡΟΣ
11. ΟΔΟΝΤΙΑΤΡΟΣ
12. ΩΡΛ
13. ΝΕΥΡΟΛΟΓΟΣ
14. ΦΥΣΙΚΟΘΕΡΑΠΕΥΤΡΙΑ και
15. ΙΑΤΡΟΙ ΥΠΟΧΡΕΟΙ ΥΠΗΡΕΣΙΑΣ ΥΠΑΙΘΡΟΥ (ΑΓΡΟΤΙΚΟΙ)

που υποστηρίζονται από τα εργαστήρια:

1. ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΚΟ
2. ΑΚΤΙΝΟΛΟΓΙΚΟ (στον ίδιο χώρο γίνονται εξετάσεις για Υπέρηχο και Μαστογραφίες)
3. ΑΞΟΝΙΚΟΣ ΤΟΜΟΓΡΑΦΟΣ και
4. ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΟ

Από τον Αύγουστο του 2017, λειτουργεί Μονάδα Τεχνητού Νεφρού υπό την επίβλεψη ιατρού Νεφρολόγου.

Από το Σεπτέμβριο του έτους 2015 λειτουργεί στο Νοσοκομείο μας αίθουσα Τηλεϊατρικής, την οποία επιμελείται Επισκέπτης Υγείας  με τις ειδικότητες:

1. Αρχικά ΠΑΙΔΟΨΥΧΙΑΤΡΟΣ και μετά προστέθηκαν οι παρακάτω ειδικότητες:
2. ΨΥΧΟΛΟΓΟΣ ΕΝΗΛΙΚΩΝ
3. ΠΑΙΔΙΑΤΡΟΣ
4. ΕΝΔΟΚΡΙΝΟΛΟΓΟΣ
5. ΨΥΧΙΑΤΡΟΣ
6. ΔΙΑΒΗΤΟΛΟΓΟΣ
7. ΔΕΡΜΑΤΟΛΟΓΟΣ

Στα πλαίσια της προσπάθειας του Υπουργείου Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης και της Κοινωνίας της Πληροφορίας μέσω του Νοσοκομείου μας, για παροχή καλύτερων υπηρεσιών υγείας προς τον πολίτη της τοπικής κοινωνίας, των γύρω νησιών καθώς και των διερχομένων, από το 2007 βρίσκεται σε πλήρη λειτουργία με συνεχή βελτίωση και ανάπτυξη, η Μηχανοργάνωση του Νοσοκομείου μας με το Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Υγείας «Δήλος».